茶叶多酚氧化酶的序列分析与结构预测

doi:10.13305/j.cnki.jts.2008.03.003

茶叶科学 ›› 2008, Vol. 28 ›› Issue (3): 157-165.doi: 10.13305/j.cnki.jts.2008.03.003

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茶叶多酚氧化酶的序列分析与结构预测

潘宇^1,2, 王坤波^1,2, 徐仲溪^1,2,*, 徐辉³, 何志丹^1,2

1. 湖南农业大学茶学教育部重点实验室;
2. 湖南农业大学园艺园林学院;
3. 湖南农业大学生物科学技术学院,湖南长沙 410128

收稿日期:2007-11-26 修回日期:2008-03-06 出版日期:2008-06-15 发布日期:2019-09-16
通讯作者: *googletea@163.com
作者简介:潘宇(1983— ),男,湖南衡阳人,硕士研究生,主要从事茶叶生物化学研究。
基金资助:
湖南科技厅[湘科计字(2007)109]

A Sequence Analysis and Structural Prediction on Polyphenol Oxidase in Tea

PAN Yu^1,2, WANG Kun-bo^1,2, XU Zhong-xi^1,2,*, XU Hui³, HE Zhi-dan^1,2

1. The Key Laboratory of Tea Science of National Ministry of Education, Hunan Agricultural University
2. Horticulture and Landscape College, Hunan Agricultural University
3. Biological Sciences & Technology College, Hunan Agricultural University, Changsha 410128, China

Received:2007-11-26 Revised:2008-03-06 Online:2008-06-15 Published:2019-09-16

摘要/Abstract

摘要： 调用生物信息学方法对已在国际互联网上的生物数据库（DDBJ、Uni-Prot）注册的茶树多酚氧化酶基因的核酸及氨基酸序列进行分析,并对其组成成分、信号肽、跨膜拓扑结构域、疏水性/亲水性、蛋白质二级及三级结构进行预测与推断。结果表明：茶多酚氧化酶不具有信号肽,存在卷曲螺旋,为位于细胞质中的无跨膜的亲水性不稳定蛋白,无规则卷曲是其蛋白质结构的主要结构元件,α-螺旋与β-折叠分散于整个多肽链中,并存在2个结构功能域。

关键词: 茶树, 多酚氧化酶, 序列分析, 结构预测

Abstract: In the present study, Polyphenol Oxidase (PPO) in tea plant which was registered in biodatabase (DDBJ & Uni-Prot) were analyzed and predicted by method of bioinformatics, including composition of nuclei acid sequences and amino acid sequences, signal peptide, transmembrane topological structure, hydrophobicity or hydrophilicity, secondary and tertiary structure of protein. The results showed that PPO in tea was a hydrophilic and non-transmembrane protein without signal peptide, but had coils. The main motifs of its predicted secondary structure of had random coil, alpha helix and beta turn were spread to the whole secondary structure of protein. Its amino acid sequences included two functional domains.

Key words: tea plant, polyphenol oxidase, sequence analysis, structural prediction

中图分类号:

S571.1
Q523

潘宇, 王坤波, 徐仲溪, 徐辉, 何志丹. 茶叶多酚氧化酶的序列分析与结构预测[J]. 茶叶科学, 2008, 28(3): 157-165. doi: 10.13305/j.cnki.jts.2008.03.003.

PAN Yu, WANG Kun-bo, XU Zhong-xi, XU Hui, HE Zhi-dan. A Sequence Analysis and Structural Prediction on Polyphenol Oxidase in Tea[J]. Journal of Tea Science, 2008, 28(3): 157-165. doi: 10.13305/j.cnki.jts.2008.03.003.

参考文献

[1] 王曼玲, 胡中立, 周明全, 等. 植物多酚氧化酶的研究进展[J]. 植物学通报, 2005, 22(2): 215~222.
[2] 宛晓春. 茶树生物化学[M]. 北京: 中国农业出版社, 2003: 178.
[3] Raizada J, Kumar S, Ahuja P S.Cloning and characterization of polyphenol oxidase gene in Camellia sinensis(L.) O. kuntze. EMBL/GenBank/DDBJ databases, 2004.
[4] Li B, Chen ZZ, Li QH.Cloning polyphenol oxidase in tea variety Camellia sinensis var. assamica cv. Yinghong 9. EMBL/GenBank/DDBJ databases, 2006.
[5] Li HH, Wu YL.Polyphenol oxidase gene from Camellia sinensis cv. Anhui Qimen Red Tea. EMBL/GenBank/DDBJ databases, 2007.
[6] Li HH, Wu YL.Polyphenol oxidase gene from Camellia sinensis cultivar Tieguanyin. EMBL/GenBank/DDBJ databases, 2007.
[7] Li HH, Wu YL.Polyphenol oxidase gene from Camellia sinensis cv. Hunan Xiangbolu Black Tea. EMBL/GenBank/DDBJ databases, 2007.
[8] Li HH, Wu YL.Polyphenol oxidase gene from Camellia sinensis cv. Hangzhou Longjing green tea. EMBL/GenBank/DDBJ databases, 2007.
[9] Gasteiger E, Hoogland C, Gattiker A, et al.Protein Identifiycation and Analysis Tools on the ExPASy Server. In John M, Walker ed. The Proteomics Protocols Handbook [M]. New Jersey Humana Press, 2005: 571~607.
[10] Peitsch M C.Protein modeling by E-mail[J]. Bio Technology, 1995, 13: 658~660.
[11] 韦朝领, 江昌俊, 陶汉之, 等. 植物紫黄素脱环氧化酶结构特征的生物信息学分析[J]. 安徽农业大学学报, 2002, 29(3): 250~255.
[12] 黄京飞, Tom L, Blundell. 蛋白质序列和结构的保守性与其功能的关系[J]. 动物学研究, 1999, 20(1): 21~25.
[13] Guex N, Peitsch M C.SWISS-MODEL and the Swiss-Pdb-Viewer: An environment for comparative protein modeling[J]. Electrophoresis, 1997,18:2714~2723.
[14] Schwede T, Kopp J, Guex N, et al. SWISS-MODEL: an automated protein homology-modeling server[J]. Nucleic Acids Research, 2003, 31(13): 3381~3385.

[1]	王留彬, 黄丽蕴, 滕翠琴, 吴立赟, 成浩, 于翠平, 王丽鸳. 梧州茶树种质资源的遗传多样性及亲缘关系分析[J]. 茶叶科学, 2022, 42(5): 601-609.
[2]	周汉琛, 杨霁虹, 徐玉婕, 吴琼, 雷攀登. 香叶醇生物合成相关基因NUDX1的进化分析[J]. 茶叶科学, 2022, 42(5): 638-648.
[3]	陈琪予, 马建强, 陈杰丹, 陈亮. 利用图像特征分析茶树成熟叶表型的遗传多样性[J]. 茶叶科学, 2022, 42(5): 649-660.
[4]	孙悦, 吴俊, 韦朝领, 刘梦月, 高晨曦, 张灵枝, 曹士先, 余顺甜, 金珊, 孙威江. 抗小贯松村叶蝉和茶棍蓟马的茶树种质筛选及其抗性相关因素分析[J]. 茶叶科学, 2022, 42(5): 689-704.
[5]	王玉源, 刘任坚, 刘少群, 舒灿伟, 孙彬妹, 郑鹏. 茶树R2R3-MYB转录因子CsTT2表达分析及功能初步鉴定[J]. 茶叶科学, 2022, 42(4): 463-476.
[6]	刘建军, 张金玉, 彭叶, 刘晓博, 杨云, 黄涛, 温贝贝, 李美凤. 不同光质摊青对夏秋茶树鲜叶挥发性物质及其绿茶品质影响研究[J]. 茶叶科学, 2022, 42(4): 500-514.
[7]	邢安琪, 武子辰, 徐晓寒, 孙怡, 王艮梅, 王玉花. 茶树富集氟的特点及其机制的研究进展[J]. 茶叶科学, 2022, 42(3): 301-315.
[8]	王涛, 王艺清, 漆思雨, 周喆, 陈志丹, 孙威江. 茶树CLH基因家族的鉴定与转录调控研究及其在白化茶树中的表达分析[J]. 茶叶科学, 2022, 42(3): 331-346.
[9]	刘任坚, 王玉源, 刘少群, 舒灿伟, 孙彬妹, 郑鹏. 茶树CsbHLH024和CsbHLH133转录因子功能鉴定[J]. 茶叶科学, 2022, 42(3): 347-357.
[10]	欧阳珂, 张成, 廖雪利, 坤吉瑞, 童华荣. 基于感官组学分析玉米香型南川大茶树工夫红茶特征香气[J]. 茶叶科学, 2022, 42(3): 397-408.
[11]	刘富浩, 范延艮, 王域, 孟凡月, 张丽霞. 茶树黄金芽CsHIPP26.1蛋白螯合离子的筛选与鉴定[J]. 茶叶科学, 2022, 42(2): 179-186.
[12]	杨妮, 李逸民, 李静文, 滕瑞敏, 陈益, 王雅慧, 庄静. 外源5-ALA对干旱胁迫下茶树叶绿素合成和荧光特性及关键酶基因表达的影响[J]. 茶叶科学, 2022, 42(2): 187-199.
[13]	疏再发, 郑生宏, 邵静娜, 周慧娟, 吉庆勇, 刘瑜, 何卫中, 王丽鸳. 不同茶树品种（系）对减半施肥的响应研究[J]. 茶叶科学, 2022, 42(2): 277-289.
[14]	陈潇敏, 赵峰, 王淑燕, 邵淑贤, 吴文晞, 林钦, 王鹏杰, 叶乃兴. 福建野生茶树资源嘌呤生物碱构成评价及特异资源筛选[J]. 茶叶科学, 2022, 42(1): 18-28.
[15]	刘庆帅, 璩馥榕, 魏梦园, 钟红, 王熠, 陈亮, 金基强. 基于UPLC技术解析金萱×紫娟F₁分离群体代谢物的遗传变异[J]. 茶叶科学, 2022, 42(1): 29-40.

茶叶多酚氧化酶的序列分析与结构预测

A Sequence Analysis and Structural Prediction on Polyphenol Oxidase in Tea

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