基于SSR标记的白化和黄化茶树品种遗传多样性分析及指纹图谱构建

doi:10.13305/j.cnki.jts.2018.01.006

茶叶科学 ›› 2018, Vol. 38 ›› Issue (1): 58-68.doi: 10.13305/j.cnki.jts.2018.01.006

基于SSR标记的白化和黄化茶树品种遗传多样性分析及指纹图谱构建

王松琳^1,2, 马春雷^1,2, 黄丹娟¹, 马建强¹, 金基强¹, 姚明哲^1,*, 陈亮^1,*

1. 中国农业科学院茶叶研究所国家茶树改良中心/农业部茶树生物学与资源利用重点实验室,浙江杭州 310008;
2. 中国农业科学院研究生院,北京 100081

收稿日期:2017-07-07 修回日期:2017-08-21 出版日期:2018-02-15 发布日期:2019-08-28
通讯作者: *
作者简介:王松琳,男,硕士研究生,主要从事茶树资源育种研究。
基金资助:
中国农业科学院科技创新工程（CAAS-ASTIP-TRICAAS）、国家茶叶产业技术体系（CARS-23）、国家自然科学基金（31100504、31500568）、浙江省公益技术研究农业项目（2016C32024）、浙江省农业（茶树）新品种选育重大科技专项子课题（2016C02053-5）

Analysis of Genetic Diversity and Construction of DNA Fingerprints of Chlorophyll-deficient Tea Cultivars by SSR Markers

WANG Songlin^1,2, MA Chunlei^1,2, HUANG Danjuan¹, MA Jianqiang¹, JIN Jiqiang¹, YAO Mingzhe^1,*, CHEN Liang^1,*

1. Tea Research Institute of the Chinese Academy of Agricultural Sciences, National Center for Tea Improvement, Key Laboratory of Tea Biology and Resource Utilization, Ministry of Agriculture, Hangzhou 310008, China;
2. Graduate School of Chinese Academy of Agriculture Science, Beijing 100081, China

Received:2017-07-07 Revised:2017-08-21 Online:2018-02-15 Published:2019-08-28

摘要/Abstract

摘要： 利用62对SSR引物对16个白化、黄化茶树品种资源的遗传多样性进行了分析,初步明确了不同白化、黄化品种的遗传结构,以及SSR标记在白化、黄化品种鉴定上的适用性,为此类茶树品种资源的鉴定评价提供了理论依据。经过对引物筛选和扩增条带的分析,结果显示：具有多态性的55对引物中,共检测出169个等位基因,每对引物检测出的等位基因数为2~5个,平均为3.07个;多态信息含量（PIC）和Shannon信息指数（I）的平均值分别是0.40和0.79;169个等位基因出现频率在3.12%~96.88%之间;16个参试品种的遗传距离在0.086~0.532,品种间遗传结构差异明显;当D≈0.18时,可将16个品种划分为3类,其中大部分亲缘关系相近或地理位置一致的品种聚为一类。此外,笔者根据不同引物的等位基因带型构建了16个白化和黄化茶树品种的分子指纹图谱,并筛选出3对核心引物（TM156、TM508、MSG0380）用于不同白化、黄化茶树品种的鉴定。

关键词: 白化, 黄化茶树, SSR标记, 指纹图谱

Abstract: To differentiate and identify different albino tea cultivars, sixty two SSR primers were used to analyze the genetic diversity of 16 tea cultivars that exhibit the chlorina phenotype. The result showed that a total of 169 alleles were amplified by 55 SSR primers with good polymorphism, and the number of alleles per primer ranged from 2 to 5, with an average of 3.07. The average value of polymorphism information content (PIC) and Shannon’s information information index (I) was 0.40 and 0.79 respectively, which indicate these albino and yellow-leaf tea cultivars having a moderate level of diversity. And the occurrence frequency of 169 alleles ranged from 3.12% to 96.88%. It suggested the difference of genetic structure among tested varieties is obvious. The Nei's genetic distance (D) of sixteen tested cultivars ranged from 0.086 to 0.532. These cultivars could be divided into three categories when D was 0.18, and the cultivars with close relatives or similar geographical origin were clustered into one group. Lastly, three primers (TM156, TM508, MSG0380) with easy identification, good stability and high polymorphism, were finally chosen to establish the fingerprint. The 16 albino and yellow-leaf tea cultivars could be effectively distinguished by the primers. This study provided an important basis for the identification of albino tea cultivars, and the evaluation and utilization of these germplasm resources.

Key words: albino tea cultivars, SSR marker, fingerprinting

中图分类号:

S571.1
Q52

王松琳, 马春雷, 黄丹娟, 马建强, 金基强, 姚明哲, 陈亮. 基于SSR标记的白化和黄化茶树品种遗传多样性分析及指纹图谱构建[J]. 茶叶科学, 2018, 38(1): 58-68. doi: 10.13305/j.cnki.jts.2018.01.006.

WANG Songlin, MA Chunlei, HUANG Danjuan, MA Jianqiang, JIN Jiqiang, YAO Mingzhe, CHEN Liang. Analysis of Genetic Diversity and Construction of DNA Fingerprints of Chlorophyll-deficient Tea Cultivars by SSR Markers[J]. Journal of Tea Science, 2018, 38(1): 58-68. doi: 10.13305/j.cnki.jts.2018.01.006.

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基于SSR标记的白化和黄化茶树品种遗传多样性分析及指纹图谱构建

Analysis of Genetic Diversity and Construction of DNA Fingerprints of Chlorophyll-deficient Tea Cultivars by SSR Markers

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