茶树EST-SNP分布特征及标记开发

doi:10.13305/j.cnki.jts.2012.04.014

茶叶科学 ›› 2012, Vol. 32 ›› Issue (4): 369-376.doi: 10.13305/j.cnki.jts.2012.04.014

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茶树EST-SNP分布特征及标记开发

王丽鸳, 张成才, 成浩^*, 韦康

中国农业科学院茶叶研究所,国家茶树改良中心,浙江杭州 310008

收稿日期:2011-11-02 修回日期:2012-03-20 出版日期:2012-08-15 发布日期:2019-09-05
通讯作者: chenghao@mail.tricaas.com
作者简介:王丽鸳（1978— ）,女,浙江金华人,副研究员,主要从事茶树遗传育种和茶叶生物工程研究。
基金资助:
现代农业产业技术体系建设专项资金（No. nycytx-23）、浙江省自然科学基金（X307603）、浙江省茶产业技术创新战略联盟专项资金

Characterization of EST-derived SNPs and Development of SNP-markers in Tea (Camellia sinensis)

WANG Li-yuan, ZHANG Cheng-cai, CHENG Hao^*, WEI Kang

Tea Research Institute, Chinese Academy of Agricultural Sciences; National Center for Tea Improvement, Hangzhou 310008, China

Received:2011-11-02 Revised:2012-03-20 Online:2012-08-15 Published:2019-09-05

摘要/Abstract

摘要： 对NCBI网上公开的12757条茶树ESTs序列进行聚类,成功构建了茶树的独立基因（Unigene）数据库,发现茶树的EST序列冗余率约为68.2%。初步建立了茶树EST-SNP标记开发体系,明确了茶树EST中SNP的分布规律,茶树编码区的SNP发生频率约为0.58%,平均200bp就有1个SNP位点,并进一步推算出茶树基因组DNA序列的杂合率约为0.38%,平均300个碱基就可能出现1个杂合位点。从237个多基因聚类簇中发现了818个SNP候选位点,设计了25对SNP引物进行DNA重测序验证,发现EST-SNP候选位点的多态检出率为75%。

关键词: 茶树, 表达序列标签, 单核苷酸序列多态性

Abstract: By clustering the 12757 ESTs of tea downloaded from NCBI, a unigene database of tea was successfully built. It was found that the redundancy rate for ESTs from tea was approximately 68.2%. An EST-SNP exploiting system for tea was established preliminarily. The SNP distribution was identified. The occurrence frequency for coding region SNP in tea was appropriately 0.58%. It meant that there was average one SNP in every 200bp of tea ESTs. Furthermore, the hybrid rate for tea genome was deduced to be 0.38%, averagely one hybrid DNA site per 300bp. Totally 818 candidated SNP were exploited from 237 multigene clusters. Then 25 pairs of SNP primers were designed and 75% of these sites were validated to be polymorphism by DNA sequencing.

Key words: tea plant, Camellia sinensis, EST, SNP

中图分类号:

S571.1
Q52

王丽鸳, 张成才, 成浩, 韦康. 茶树EST-SNP分布特征及标记开发[J]. 茶叶科学, 2012, 32(4): 369-376. doi: 10.13305/j.cnki.jts.2012.04.014.

WANG Li-yuan, ZHANG Cheng-cai, CHENG Hao, WEI Kang. Characterization of EST-derived SNPs and Development of SNP-markers in Tea (Camellia sinensis)[J]. Journal of Tea Science, 2012, 32(4): 369-376. doi: 10.13305/j.cnki.jts.2012.04.014.

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