茶叶科学 ›› 2018, Vol. 38 ›› Issue (2): 193-201.doi: 10.13305/j.cnki.jts.2018.02.010
朱兴正1,2, 夏丽飞1,2, 陈林波1,2,*, 孙云南1,2, 田易萍1,2, 宋维希1,2, 蒋会兵1,2
收稿日期:
2017-10-31
修回日期:
2017-11-27
出版日期:
2018-04-15
发布日期:
2019-08-28
通讯作者:
*chenlinbo2002@sina.com
作者简介:
朱兴正,男,副研究员,主要从事茶树育种与生物技术方面的工作。
基金资助:
ZHU Xingzheng1,2, XIA Lifei1,2, CHEN Linbo1,2,*, SUN Yunnan1,2, TIAN Yiping1,2, SONG Weixi1,2, JIANG Huibin1,2
Received:
2017-10-31
Revised:
2017-11-27
Online:
2018-04-15
Published:
2019-08-28
摘要: 为探讨云茶1号茶树品种优异性状的遗传基础,采用PacBio平台进行全长转录组测序,最终获得Polished consensus序列213β389个,预测到CDS有223β120个,检测到195β062个SSR位点。在NR数据库有170β264个同源序列比对到980个物种;有103β124个在KOG数据库得到注释,根据其功能各分为26类;有65β524个得到GO注释分为细胞组分、分子功能及生物学过程等三大类的55个功能组;根据KEGG数据库,105β972个得到了注释,涉及到216个代谢途径分支,包括茶叶品质、活性物质代谢以及抗逆等相关基因等;还预测到隶属于60个转录因子家族的转录因子有5β785个。这些结果为进一步开展云茶1号茶树特异性状基因的标记性引物开发、遗传研究以及品质形成和抗逆机制研究奠定了基础。
中图分类号:
朱兴正, 夏丽飞, 陈林波, 孙云南, 田易萍, 宋维希, 蒋会兵. 保护品种云茶1号茶树全长转录组测序分析[J]. 茶叶科学, 2018, 38(2): 193-201. doi: 10.13305/j.cnki.jts.2018.02.010.
ZHU Xingzheng, XIA Lifei, CHEN Linbo, SUN Yunnan, TIAN Yiping, SONG Weixi, JIANG Huibin. Full-length Transcriptome Analysis of Protected Cultivation ‘Yuncha 1’ (Camellia sinensis Var assamica)[J]. Journal of Tea Science, 2018, 38(2): 193-201. doi: 10.13305/j.cnki.jts.2018.02.010.
[1] | 张俊, 田易萍, 徐丕忠, 等. 优质、抗病大叶茶新品种“云茶1号”选育[J]. 茶叶, 2008, 34(1): 39-41. |
[2] | 王深. 云茶1号主要特点与栽培管理[J]. 农村实用技术, 2013(2):19. |
[3] | 冉隆珣, 玉香甩, 田易萍, 等. 不同茶树品种对茶饼病抗性鉴定初探[J]. 辽宁农业科学, 2017(1): 69-70. |
[4] | 田易萍, 张俊, 徐丕忠, 等. 茶新品种‘云茶1号’[J]. 园艺学报, 2009, 36(1): 153. |
[5] | Liao Y C, Lin S H, Lin H H.Completing bacterial genome assemblies: strategy and performance comparisons[J]. Scientific Reports, 2015, 5: 8747. |
[6] | Shin S C, Ahn D H, Kim S J, et al.Advantages of single-molecule real-time sequencing in high-GC content genomes[J]. PLoS One, 2013, 8(7): e68824. |
[7] | Gao J P, Wang D, Cao L Y, Sun H F.Transcriptome sequencing of codonopsis pilosula and identification of candidate genes involved in polysaccharide biosynthesis[J]. PLoS One, 2015, 10(2): 117-134. |
[8] | Shimizu K, Adachi J, Muraoka Y.ANGLE: a sequencing errors resistant program for predicting protein coding regions in unfinished cDNA[J]. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2006, 4(3): 649-664. |
[9] | Zheng Y, Jiao C, Sun H, et al.iTAK: a program for genome-wide prediction and classification of plant transcription factors, transcriptional regulators, and protein kinases[J]. Molecular Plant, 2016, 9(12): 1667-1670. |
[10] | Lutoval A, Doduevai E, Lebedeva M A, et al.Transcription factors in developmental genetics and the evolution of higher plants[J]. Russian Journal of Genetics, 2015, 51(5): 449-466. |
[11] | 曹晨霞, 韩琬, 张和平. 第三代测序技术在微生物研究中的应用[J]. 微生物学通报, 2016, 43(10): 2269-2276. |
[12] | 任毅鹏, 张佳庆, 孙瑜, 等. 基于PacBio平台的全长转录组测序[J]. 科学通报, 2016, 61(11): 1250-1254. |
[13] | Shi C Y, Yang H, Wei C L, et al.Deep sequencing of the Camellia sinensis transcriptome revealed candidate genes for major metabolic pathways of tea-specific compounds[J]. BMC Genomics, 2011, 12(1): 131. |
[14] | 陈林波, 夏丽飞, 周萌, 等. 基于RNA-Seq技术的“紫娟”茶树转录组分析[J]. 分子植物育种, 2015, 13(10): 2250-2255. |
[1] | 王留彬, 黄丽蕴, 滕翠琴, 吴立赟, 成浩, 于翠平, 王丽鸳. 梧州茶树种质资源的遗传多样性及亲缘关系分析[J]. 茶叶科学, 2022, 42(5): 601-609. |
[2] | 武警, 陈楠楠, 韩梦琳, 陈高, 厉伟伟, 张蜀香, 蒋晓岚. 茶树根系耐铝促生内生细菌的分离鉴定及其特性研究[J]. 茶叶科学, 2022, 42(5): 610-622. |
[3] | 高健健, 陈丹, 彭佳堃, 吴文亮, 蔡良绥, 蔡亚威, 田军, 万云龙, 孙威江, 黄艳, 王哲, 林智, 戴伟东. 基于代谢组学的云南白茶与福鼎白茶化学成分比较分析[J]. 茶叶科学, 2022, 42(5): 623-637. |
[4] | 周汉琛, 杨霁虹, 徐玉婕, 吴琼, 雷攀登. 香叶醇生物合成相关基因NUDX1的进化分析[J]. 茶叶科学, 2022, 42(5): 638-648. |
[5] | 陈琪予, 马建强, 陈杰丹, 陈亮. 利用图像特征分析茶树成熟叶表型的遗传多样性[J]. 茶叶科学, 2022, 42(5): 649-660. |
[6] | 李艳春, 汪航, 李兆伟, 叶菁, 王义祥. 几种改良措施对酸化茶园土壤理化性质和微生物群落结构的影响[J]. 茶叶科学, 2022, 42(5): 661-671. |
[7] | 王峰, 陈玉真, 吴志丹, 尤志明, 余文权, 俞晓敏, 杨贞标. 有机管理模式对茶园土壤真菌群落结构及功能的影响[J]. 茶叶科学, 2022, 42(5): 672-688. |
[8] | 孙悦, 吴俊, 韦朝领, 刘梦月, 高晨曦, 张灵枝, 曹士先, 余顺甜, 金珊, 孙威江. 抗小贯松村叶蝉和茶棍蓟马的茶树种质筛选及其抗性相关因素分析[J]. 茶叶科学, 2022, 42(5): 689-704. |
[9] | 陈宇宏, 高颖, 韩震, 尹军峰. 不同种质茶叶籽皂素含量及组成分析[J]. 茶叶科学, 2022, 42(5): 705-716. |
[10] | 陈慧, 杨丽玲, 陈金华, 黄建安, 龚雨顺, 李适. 控温渥堆对黑毛茶香气品质的影响[J]. 茶叶科学, 2022, 42(5): 717-730. |
[11] | 陈珂, 王苑竹, 杨晓颖, 张冬英, 朱强强. 壳聚糖复合β-乳球蛋白负载EGCG纳米粒的制备及其对糖尿病小鼠血糖的影响[J]. 茶叶科学, 2022, 42(5): 731-739. |
[12] | 李峥, 刘锭, 霍增辉, 陈富桥. 中国与RCEP成员国茶叶贸易竞争性与互补性分析[J]. 茶叶科学, 2022, 42(5): 740-752. |
[13] | 俞蓉欣, 郑芹芹, 陈红平, 张劲松, 张相春. 儿茶素生物医用纳米材料研究进展[J]. 茶叶科学, 2022, 42(4): 447-462. |
[14] | 王玉源, 刘任坚, 刘少群, 舒灿伟, 孙彬妹, 郑鹏. 茶树R2R3-MYB转录因子CsTT2表达分析及功能初步鉴定[J]. 茶叶科学, 2022, 42(4): 463-476. |
[15] | 李晶, 林彩容, 黄艳, 邓旭铭, 王艺清, 孙威江. 茶多酚对农杆菌介导的植物遗传转化体系的影响[J]. 茶叶科学, 2022, 42(4): 477-490. |
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