EST-SSR标记与茶树表型性状关联的初步分析

doi:10.13305/j.cnki.jts.2010.01.007

茶叶科学 ›› 2010, Vol. 30 ›› Issue (1): 45-51.doi: 10.13305/j.cnki.jts.2010.01.007

EST-SSR标记与茶树表型性状关联的初步分析

姚明哲, 乔婷婷, 马春雷, 金基强, 陈亮^*

中国农业科学院茶叶研究所茶树资源与改良研究中心/国家茶树改良中心,浙江杭州 310008

收稿日期:2009-08-21 修回日期:2009-10-21 发布日期:2019-09-10
通讯作者: liangchen@mail.tricaas.com
作者简介:姚明哲(1975— ),男,山东菏泽人,助理研究员,主要从事茶树种质资源与遗传育种研究。
基金资助:
国家“863”计划（2006AA10Z171）、国家农业（茶叶）产业技术体系、公益性行业（农业）科研专项（3-35）和浙江省科技计划课题（2008C32002）资助

The Association Analysis of Phenotypic Traits with EST-SSR Markers in Tea Plants

YAO Ming-zhe, QIAO Ting-ting, MA Chun-lei, JIN Ji-qiang, CHEN Liang^*

Tea Research Institute of the Chinese Academy of Agricultural Sciences, National Center for Tea Improvement, Hangzhou 310008, China

Received:2009-08-21 Revised:2009-10-21 Published:2019-09-10

摘要/Abstract

摘要： 关联分析是一种利用连锁不平衡（LD）检测自然群体中基因位点及其等位变异,并将等位基因变异与目标性状联系起来的分析方法。本研究利用自主开发的55个EST-SSR标记对112份茶树品种（系）进行了基因分型。在EST-SSR位点连锁不平衡和供试材料群体结构分析的基础上,通过关联分析共鉴定出5个与表型性状显著关联的EST-SSR标记（P<0.01）,其中标记CS298、CS317、CS84分别与一芽二叶百芽重（BW）、叶片长度（LL）和茶多酚含量（TP）显著关联,对表型变异的解释率分别为0.11、0.15和0.35;标记CS330和CS338均与咖啡碱含量（CAF）显著关联,对表型变异的解释率分别为0.14和0.15。

关键词: 茶树, EST-SSR, 关联分析, 连锁不平衡, 群体结构

Abstract: Association analysis is an approach to identify the relationship of molecular markers or candidate genes with traits in a given population based on linkage disequilibrium (LD). In this study 55 EST-SSR markers developed independently were used for genotyping of 112 clonal tea cultivars. LD of pairwise loci and population structure were firstly analyzed, then association analysis between EST-SSR markers and 7 penotypic traits were performed using TASSEL GLM. The different degrees of LD were detected among 55 pairwise EST-SSR loci. Genetic structure analysis showed that the total of 112 tea cultivars can be classified into two sub-populations. Five EST-SSR markers associated with phenotypic traits were screened out at the level of P<0.01. Three Markers CS298, CS317 and CS84 were associated with the weight of 100 shoots with one bud and two leaves (BW), leaf length (LL) and content of tea polyphenol, and they could explain phenotypic variation with 0.11, 0.15 and 0.35, respectively. Two Markers CS330 and CS338 were both detected association with content of caffeine (CAF), and they could explain phenotypic variation with 0.14 and 0.15, respecitvely.

Key words: tea(Camellia sinensis), EST-SSR, association analysis, linkage disequilibrium, population structure

中图分类号:

S571.1
Q348

姚明哲, 乔婷婷, 马春雷, 金基强, 陈亮. EST-SSR标记与茶树表型性状关联的初步分析[J]. 茶叶科学, 2010, 30(1): 45-51. doi: 10.13305/j.cnki.jts.2010.01.007.

YAO Ming-zhe, QIAO Ting-ting, MA Chun-lei, JIN Ji-qiang, CHEN Liang. The Association Analysis of Phenotypic Traits with EST-SSR Markers in Tea Plants[J]. Journal of Tea Science, 2010, 30(1): 45-51. doi: 10.13305/j.cnki.jts.2010.01.007.

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EST-SSR标记与茶树表型性状关联的初步分析

The Association Analysis of Phenotypic Traits with EST-SSR Markers in Tea Plants

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